MaAsLin 3是一个强大的微生物组多变量关联分析R包工具,提供了同时检测丰度和存在性关联的能力,并引入了创新的组成性校正方法。
我们实验室经常处理低微生物生物量样本(如宿主相关的呼吸道,阴道等微生物组,或是环境相关的沙子,冻土等微生物组),最近看到Nature Microbiology发表了一篇关于低微生物生物量样本污染的指南。
MetaNet是一个用于组学网络分析的R包,提供了多种功能,包括网络构建、可视化、比较和稳定性分析等。最近我把MetaNet的预印本放到了bioRxiv上,欢迎大家阅读和使用。
中介分析是一种统计方法,用于研究自变量(X)通过一个或多个中介变量(M)影响因变量(Y)的机制。本文介绍了中介分析的基本概念和R语言中的实现方法,并探讨了结构方程模型(SEM)的应用。
使用MetaNet包获取KEGG通路网络,并进行注释和可视化。