了解控制群落多样性、功能、演替和生物地理学的机制是生态学,尤其是微生物生态学中的一个核心,这里介绍了几种群落构建分析方法。
antiSMASH是一个用于识别和分析微生物中生物合成基因簇(BGCs)的工具。本文介绍了antiSMASH的使用方法和分析流程。
生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster,BGC) 是一类非常重要的基因集合类型,随着高通量测序技术和生物大数据处理工具的快速发展,直接从宏基因组(metagenome)中探索BGC的策略已经越来越成熟。
我们实验室开发了一种新型的用于个体生物和化学暴露组纵向测绘的可穿戴被动采样器:AirPie。
最近,我开发的R包ReporterScore(GRSA方法)发表在杂志Briefings in Bioinformatics上,这是一种灵活的,可用于复杂多组学数据的功能富集新方法。