生信学习
编程基础
R语言精进
- circos绘图（基础用法）
- ggh4x包拓展ggplot2绘图
- moiraine：面向可重复性及多方法比较的多组学集成分析R包
- R-shiny应用开发（基础）
- R包开发（基础）
- R医学数据分析
- R展示层级数据（桑基/旭日/珠包/Treemap图等）
- R快速翻译和绘图中文支持
- R整理和分析文献信息
- R绘制Venn图及其变换
- R绘制优美的地图
- R绘制优美的进化树（基础）
- R绘制优美的进化树（进阶）
- R绘制柱形图及其变换
- R绘制箱形图及其变换
- R语言机器学习（基础）
- R语言爬虫（rvest包）
- R调用Taxonkit展示系统发育信息
- R进阶使用技巧
- 一些有趣的绘图R包
- 快速绘制采样地图
统计学
- MaAsLin 3：微生物组多变量关联分析
- R-统计分析
- R语言实现临床预测的联合模型(Joint Model)
- R语言实现倾向性评分匹配(PSM)
- R语言实现多组学因子分析(MOFA)
- R语言实现潜类别分析(Latent Class Analysis)
- 中介分析与结构方程模型（SEM）学习
- 差异丰度分析（differential abundance analysis）
- 组学数据去除批次效应（batch effect）
- 降维/排序分析（ordination analysis）
宏基因组分析
- DECODE：适用于多组学数据的深度学习通用去卷积框架|Nature Methods
- metaTraits：微生物表型性状信息的大规模整合平台
- Mmseqs2的基础使用
- Nature Medicine| 通过脂肪组织-微生物组相互作用对代谢性肥胖的多组学定义
- Nature Microbiology｜未分箱序列揭示全球微生物组未知多样性
- Nature Microbiology|经验性阿奇霉素治疗改变上呼吸道微生物组与抗性基因谱，但对COVID-19无抗炎益处
- Nature Microbiology|质粒驱动的抗菌素耐药性进化：插入序列介导的基因失活新机制
- Nature|人类与细菌的基因变异共同塑造口腔微生物组与健康
- NBT| myloasm利用多态性K-mer破解复杂宏基因组的高分辨组装难题
- NC| 复杂菌群防御组（defensome）
- NC｜宿主-微生物组原型区分人类下呼吸道中的感染和病原体携带
- Panaroo：微生物泛基因组分析工具
- R微生物组分析流程（pctax包）
- 从宏基因组量化细菌生长动态
- 使用 LexicMap 实现百万级原核生物基因组高效序列比对 | NBT
- 使用GenomeSPOT从氨基酸组成预测微生物生长条件
- 使用gRodon和Phydon进行微生物基因组的最大生长速率预测
- 使用InStrain进行宏基因组群体分析
- 使用Kraken进行16S/ITS物种注释（超快）
- 使用MLP根据相对丰度预测粪便微生物组负荷｜Cell
- 使用Orthofinder进行系统发育直系同源推断
- 全球活性污泥微生物组的宏基因组解析| Nature Water
- 功能基因预测/注释通用工具
- 在低生物量微生物组研究中预防和报告污染｜Nature Microbiology指南
- 基因组同线性（synteny）分析和可视化
- 宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202408｜持续更新
- 宏转录组学揭示人体皮肤微生物活性图景（宏转录组分析参考）
- 微生物组抗生素抗性基因(ARGs)分析的挑战、局限与未来展望
- 扩增子(Amplicon)数据分析流程|Qiime2
- 有关Rarefaction的探讨，一篇10年前的文章
- 极端环境微生物组目录 (EEMC)：微生物多样性和抗菌药物发现的全球资源
- 用 MDSINE2 解析微生物组生态系统尺度动态变化｜Nature Microbiology
- 高分辨率空间转录组学解析宿主-肠道微生物组的生物地理分布｜Nature Microbiology
MAGs
- GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
- HRGM2：涵盖 41 个国家的的人类肠道MAGs目录，支持基因组规模代谢模型
- METABOLIC：微生物基因组群落规模功能网络分析
- 从基因组视角解析真菌的多样性与进化
- 从宏基因组构建基因组规模代谢模型（GEM）
- 使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)
- 宏基因组分箱（binning）｜1.Metabat实战了解binning
- 宏基因组分箱（binning）｜2. MetaWRAP实战深入binning
- 宏基因组分箱（binning）｜3. BASALT优化binning流程
- 宏基因组分箱（binning）｜4. DAS Tool优化binning结果
- 宏基因组分箱（binning）｜5. Bin Chicken靶向共组装
BGCs
- BGC Atlas助力宏基因组中生物合成基因簇的发现与分析
- BGCkit：组学数据BGC分析流程
- BiG-SCAPE 2.0与BiG-SLiCE 2.0：代谢基因簇聚类分析工具的重大升级
- 使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
- 使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs
- 使用BiG-SLiCE高效聚类大规模BGCs
- 微生物次生代谢产物：加速从发现到应用的研究进展
- 微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
- 生物合成基因簇家族（GCF）数据库 BiG-FAM
Virus
- Anti-CRISPR 相关内容学习
- BAQLaVa：高分辨率病毒群落分析的新框架，基于宏基因组与宏转录组数据
- CRISPR analysis
- CRISPR 相关内容学习
- Nature|DNA病毒组随人类基因和环境而变化
- VIRE：具有环境背景的全球尺度病毒组资源
- VirRep: 人类肠道微生物组识别病毒新方法
- VirSorter2 + DRAM 鉴定病毒和辅助代谢基因
- 一些基于宏基因组的巨型病毒研究
- 从宏基因组中鉴定病毒序列
- 使用CRISPRCasTyper注释和分类CRISPR-Cas基因
- 使用PhaGCN2/vConTACT2进行病毒分类注释
- 使用最新的vConTACT3进行病毒分类注释|Nat Biotechnol
- 全球公共交通系统气溶胶微生物群落的时空格局
- 全球公共交通系统空气病毒特征（宏基因组病毒分析参考）
- 呼吸道病毒共感染：相互作用、机制及临床意义
- 呼吸道病毒组：揭示病毒暗物质在呼吸健康与疾病中的作用
- 地下水中隐藏的病毒多样性及其生态作用|NC
- 大规模细菌基因组分析揭示数千种裂解噬菌体的存在
- 宏基因组中病毒序列的宿主预测
- 巨型病毒(Giant virus)生物学和多样性研究
- 病毒出现与全球大流行预防：同一健康框架下的视角
- 病毒相关内容学习
- 细菌移动遗传元件间的互作与进化关系
- 近期的一些环境病毒组研究（2024.10）
数据库
- KEGG 数据库及API (1)
- KEGG 数据库及API (2)
- KEGG更新（2024.12）|作为现实世界模型的生物系统数据库
- NCBI不维护？试试上传数据至ENA
- ResMicroDb：人类呼吸道微生物组综合数据库与分析平台
- SPIRE与gcMeta：两大全球微生物组资源数据库
- 上传测序数据至ENA数据库
- 地球CNPS元素循环功能基因数据库
- 地球微生物组计划介绍（EMP）
- 常用扩增子数据库
微生物生态学
- 25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（1）
- 25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（2）
- 25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（3）
- 25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（4）
- Cell | 噬菌体如何通过“社交网络”重塑微生物生态系统
- Keystone概念再审视：微生物群落动态与调控的新见解
- Nature综述| 水体“塑料际”：生态学、病原体传播和抗菌素耐药性
- Nature综述|微生物驱动的地球磷循环
- Nature综述｜细菌基因组进化中的上位性与共适应
- NC|全球土壤微生物氮、磷利用效率的格局与驱动因素
- 从高山冰川向下游扩散的Polaromonas进化辐射
- 全球尺度的抗生素耐药基因（ARG）研究
- 功能基因-氮元素循环（N-cycling）
- 功能基因-碳元素循环（C-cycling）
- 功能基因探索：木质纤维素（lignocellulose）降解
- 土壤微生物组综述（soil microbiome）
- 基因组污染可能高估水平基因转移（HGT）推断｜NC
- 基因组视角下的地球生物群落：微生物研究综述
- 室内微生物组相关研究
- 微生物的耐酸机制研究
- 微生物群落构建（community assembly）
- 抗生素抗性基因（ARG）基础学习
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- 气候变化与抗菌药物耐药性：关联机制与应对策略
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- 生物营养策略（Trophic strategy）
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- 细菌残体循环通过资源分配促进细菌群落多样性维持｜NEE
- 细菌细胞膜靶向抗生素：对抗多重耐药菌的新策略
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- 阿斯加德古菌的多样性、生态、细胞生物学与演化|Nat Rev Microbiol
冻土相关专题
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- 寒冷适应和HGT塑造南极海绵微生物组
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网络分析
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- MetaNet：多组学网络分析工具｜2.网络计算和构建
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- MetaNet：多组学网络分析工具｜4.布局和可视化
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- microbetag通过注释、富集和代谢互补分析帮助微生物网络解读
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- 使用MetaNet绘制KEGG通路网络图
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- 组学网络分析工具MetaNet正式发表于Bioinformatics
- 预印本｜MetaNet: a scalable and integrated tool for reproducible omics network analysis
富集分析
- GSVA: 基因集变异分析
- Reporter Score 微生物功能富集分析
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- 基因集富集分析(GSEA)简介
其他工具
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学术成果
- Critical Care: ICU医护人员肠道抗生素耐药基因显著增加
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