
Categories
2024
扩增子(Amplicon)数据分析流程|Qiime2

KEGG更新(2024.12)|作为现实世界模型的生物系统数据库

巨型病毒(Giant virus)生物学和多样性研究

一些基于宏基因组的巨型病毒研究

微生物学名-中文名称转换(可批量)

近期的一些环境病毒组研究(2024.10)
微生物的低温适应/抗寒机制研究

R整理和分析文献信息

一些有趣的绘图R包

ggh4x包拓展ggplot2绘图

使用InStrain进行宏基因组群体分析

群体遗传学基础学习

尝试开发一个自己的Python库
浙江大学蒋超实验室在JHM发文揭示日常使用量的一次性纸杯释放的微塑料或可能影响孕期健康

Zotero 7.0正式版,大更新!

使用PhaGCN2/vConTACT2进行病毒分类注释

病毒相关内容学习

功能基因预测/注释通用工具

使用Orthofinder进行系统发育直系同源推断

Anti-CRISPR 相关内容学习

宏基因组中病毒序列的进一步挖掘(功能/宿主)
更新一下你的Conda吧

从宏基因组构建基因组规模代谢模型(GEM)

METABOLIC:微生物基因组群落规模功能网络分析

从宏基因组量化细菌生长动态

一些实用的shell脚本
R绘制Venn图及其变换

公众号长期数据统计(笨方法)

VirRep: 人类肠道微生物组识别病毒新方法

R展示层级数据(桑基/旭日/珠包/Treemap图等)

R绘制箱形图及其变换

Positron初尝试,新一代数据科学IDE(R+Python+...)

从宏基因组中鉴定病毒序列

R进阶使用技巧

宏基因组分箱(binning)|2. MetaWRAP实战深入binning

宏基因组分箱(binning)|1.Metabat实战了解binning

宏基因组分析流程(Metagenomic workflow)202408|持续更新

Slurm集群使用基础

微生物群落构建(community assembly)

GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具

使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)

上传测序数据至ENA数据库

R调用Taxonkit展示系统发育信息

使用uTools提高办公效率

使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs

微生物组的生物合成基因簇(BGCs)分析

使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组

浙江大学蒋超课题组合作ES&T:开发使用可穿戴被动采样器对个体生物和化学暴露组与转录组进行纵向测绘

ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics

Mermaid 入门

CSL格式原理和应用

R快速翻译和绘图中文支持

2023
龙年启科研新篇

CRISPR 相关内容学习

常用扩增子数据库

地球微生物组计划介绍(EMP)

降维/排序分析(ordination analysis)

土壤微生物组综述(soil microbiome)

Attack on Titan

基因集富集分析(GSEA)简介

KEGG 数据库及API (2)

KEGG 数据库及API (1)

使用ReporterScore包进行富集分析

R微生物组分析流程(pctax包)

R绘制柱形图及其变换

gut 2023 肠道大会个人总结

Antibiotics resistance gene 抗生素抗性基因(ARG)

Reporter Score 微生物功能富集分析

R绘制优美的进化树(进阶)

R绘制优美的进化树(基础)

蒋超实验室项目技术员招聘

R绘制优美的地图

物种多样性研究的理论和方法

R-shiny应用开发(基础)

紫金春日

R-统计分析

ChatGPT帮我调整stack主题

R语言学习

春之伊始

Markdown Syntax Guide
