宏基因组分箱(Metagenomics Binning)是一个将宏基因组测序获得的DNA序列分类为离散组或“bins”的过程,在这里我们先从MetaBAT讲起,通过MetaBAT2实战来了解分箱流程。
宏基因组(Metagenome)是指对一个生态系统中的所有微生物进行DNA分析的过程,可以帮助研究人员了解微生物的多样性、功能和互作关系。这里介绍常用的上游分析流程。
我们在做生物信息分析时,对于大规模的上游数据的处理,一般需要在大型服务器或集群上进行。我最早接触并使用的是一个基于SLURM调度系统的集群,在此记录一下基础使用方法。
了解控制群落多样性、功能、演替和生物地理学的机制是生态学,尤其是微生物生态学中的一个核心,这里介绍了几种群落构建分析方法。
GTDB(Genome Taxonomy Database)是一个基因组分类学数据库,旨在提供高质量的细菌和古细菌等分类信息。GTDB-Tk 是一个软件工具包,用于根据GTDB对细菌和古细菌基因组进行客观分类。