分享一些R进阶使用小技巧,包括R编程,debug,RMarkdown,写R包等等。
MetaWRAP是一个集成的宏基因组分析工具包,侧重于宏基因组Binning,本文将介绍MetaWRAP的具体使用方法。
宏基因组分箱(Metagenomics Binning)是一个将宏基因组测序获得的DNA序列分类为离散组或“bins”的过程,在这里我们先从MetaBAT讲起,通过MetaBAT2实战来了解分箱流程。
宏基因组(Metagenome)是指对一个生态系统中的所有微生物进行DNA分析的过程,可以帮助研究人员了解微生物的多样性、功能和互作关系。这里介绍常用的上游分析流程。
我们在做生物信息分析时,对于大规模的上游数据的处理,一般需要在大型服务器或集群上进行。我最早接触并使用的是一个基于SLURM调度系统的集群,在此记录一下基础使用方法。