ANI 是指平均核苷酸一致性(Average Nucleotide Identity),是一种用来比较基因组的指标。FastANI和Skani是常用于计算ANI的快速准确的软件,在此介绍一下这两个工具。
把测序原始数据上传至ENA数据库是常见的项目需要。在此以双端fastq测序文件的提交流程为例,讲解具体步骤。
TaxonKit是一个用于处理生物分类学数据的命令行工具,我把Taxonkit工具整合进了R包pctax,也开发了一些配套的系统发育分析和可视化方法。
uTools是一个很好用的小软件,对日常工作效率提升显著,把它推荐给大家。
BiG-SCAPE是一种计算生物合成基因簇(BGCs)之间距离的工具,用于自动重建基因簇家族,即编码高度相似或相同分子的基因簇组。