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2025
NCBI不维护？试试上传数据至ENA
细菌细胞膜靶向抗生素：对抗多重耐药菌的新策略
呼吸道病毒组：揭示病毒暗物质在呼吸健康与疾病中的作用
病毒出现与全球大流行预防：同一健康框架下的视角
使用GenomeSPOT从氨基酸组成预测微生物生长条件
使用CRISPRCasTyper注释和分类CRISPR-Cas基因
从基因组视角解析真菌的多样性与进化
细菌移动遗传元件间的互作与进化关系
呼吸道病毒共感染：相互作用、机制及临床意义
微生物次生代谢产物：加速从发现到应用的研究进展
全球公共交通系统空气病毒特征（宏基因组病毒分析参考）
宏转录组学揭示人体皮肤微生物活性图景（宏转录组分析参考）
基因组视角下的地球生物群落：微生物研究综述
抗菌肽（AMP）的结构，功能和应用；相关数据库及预测方法
用 MDSINE2 解析微生物组生态系统尺度动态变化｜Nature Microbiology
使用 LexicMap 实现百万级原核生物基因组高效序列比对 | NBT
使用MLP根据相对丰度预测粪便微生物组负荷｜Cell
25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（4）
25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（3）
25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（2）
25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（1）
有关Rarefaction的探讨，一篇10年前的文章
室内微生物组相关研究
MaAsLin 3：微生物组多变量关联分析
预印本｜MetaNet: a scalable and integrated tool for reproducible omics network analysis
在低生物量微生物组研究中预防和报告污染｜Nature Microbiology指南
中介分析与结构方程模型（SEM）学习
使用MetaNet绘制KEGG通路网络图
批量下载NCBI genome相关数据
快速绘制采样地图
使用MetaNet进行网络比较
使用MetaNet添加更多节点形状
论文作者和单位太多？如何快速整理和修改
Critical Care: ICU医护人员肠道抗生素耐药基因显著增加
BGCkit：组学数据BGC分析流程
基因组同线性（synteny）分析和可视化
宏基因组分箱（binning）｜4. DAS Tool优化binning结果
MetaNet：多组学网络分析工具｜8.网络稳定性分析
MetaNet：多组学网络分析工具｜7.网络模块分析
MetaNet：多组学网络分析工具｜6.网络拓扑指标分析
MetaNet：多组学网络分析工具｜5.扩展绘图与兼容工具
MetaNet：多组学网络分析工具｜4.布局和可视化
MetaNet：多组学网络分析工具｜3.网络注释与操作
MetaNet：多组学网络分析工具｜2.网络计算和构建
MetaNet：多组学网络分析工具｜1.基础介绍
SQLite使用基础以及在R中操作数据库
功能基因探索：木质纤维素（lignocellulose）降解
微生物的耐酸机制研究
容器（Docker & Singularity）使用入门
宏基因组中病毒序列的宿主预测
全球尺度的抗生素耐药基因（ARG）研究
使用BiG-SLiCE高效聚类大规模BGCs
BGC Atlas助力宏基因组中生物合成基因簇的发现与分析
宏基因组分箱（binning）｜3. BASALT优化binning流程
使用Kraken进行16S/ITS物种注释（超快）
生物合成基因簇家族（GCF）数据库 BiG-FAM
iPhylo 生成并绘制优美的分类树（物种+化学）
2024
扩增子(Amplicon)数据分析流程|Qiime2
KEGG更新（2024.12）|作为现实世界模型的生物系统数据库
巨型病毒(Giant virus)生物学和多样性研究
一些基于宏基因组的巨型病毒研究
微生物学名-中文名称转换（可批量）
近期的一些环境病毒组研究（2024.10）
微生物的低温适应/抗寒机制研究
R整理和分析文献信息
一些有趣的绘图R包
ggh4x包拓展ggplot2绘图
使用InStrain进行宏基因组群体分析
群体遗传学基础学习
尝试开发一个自己的Python库
浙江大学蒋超实验室在JHM发文揭示日常使用量的一次性纸杯释放的微塑料或可能影响孕期健康
Zotero 7.0正式版，大更新！
使用PhaGCN2/vConTACT2进行病毒分类注释
病毒相关内容学习
功能基因预测/注释通用工具
使用Orthofinder进行系统发育直系同源推断
Anti-CRISPR 相关内容学习
更新一下你的Conda吧
从宏基因组构建基因组规模代谢模型（GEM）
METABOLIC：微生物基因组群落规模功能网络分析
从宏基因组量化细菌生长动态
一些实用的shell脚本
R绘制Venn图及其变换
公众号长期数据统计（笨方法）
VirRep: 人类肠道微生物组识别病毒新方法
R展示层级数据（桑基/旭日/珠包/Treemap图等）
R绘制箱形图及其变换
Positron初尝试，新一代数据科学IDE（R+Python+...）
从宏基因组中鉴定病毒序列
R进阶使用技巧
宏基因组分箱（binning）｜2. MetaWRAP实战深入binning
宏基因组分箱（binning）｜1.Metabat实战了解binning
宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202408｜持续更新
Slurm集群使用基础
微生物群落构建（community assembly）
GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)
上传测序数据至ENA数据库
R调用Taxonkit展示系统发育信息
使用uTools提高办公效率
使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs
微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
浙江大学蒋超课题组合作ES&T：开发使用可穿戴被动采样器对个体生物和化学暴露组与转录组进行纵向测绘
ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics
Mermaid 入门
CSL格式原理和应用
R快速翻译和绘图中文支持
2023
龙年启科研新篇
CRISPR 相关内容学习
常用扩增子数据库
地球微生物组计划介绍（EMP）
降维/排序分析（ordination analysis）
土壤微生物组综述（soil microbiome）
Attack on Titan
基因集富集分析(GSEA)简介
KEGG 数据库及API (2)
KEGG 数据库及API (1)
使用ReporterScore包进行富集分析
R微生物组分析流程（pctax包）
R绘制柱形图及其变换
gut 2023 肠道大会个人总结
抗生素抗性基因（ARG）基础学习
Reporter Score 微生物功能富集分析
R绘制优美的进化树（进阶）
R绘制优美的进化树（基础）
蒋超实验室项目技术员招聘
R绘制优美的地图
物种多样性研究的理论和方法
R-shiny应用开发（基础）
紫金春日
R-统计分析
ChatGPT帮我调整stack主题
R语言学习
春之伊始
Markdown Syntax Guide
