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2026
极端环境微生物组目录 (EEMC)：微生物多样性和抗菌药物发现的全球资源
微生物组抗生素抗性基因(ARGs)分析的挑战、局限与未来展望
NC| 复杂菌群防御组（defensome）
NBT| 快速、精准同源性搜索新工具ERAST
Nature综述| 水体“塑料际”：生态学、病原体传播和抗菌素耐药性
Nature Medicine| 通过脂肪组织-微生物组相互作用对代谢性肥胖的多组学定义
NBT| myloasm利用多态性K-mer破解复杂宏基因组的高分辨组装难题
Nature|人类与细菌的基因变异共同塑造口腔微生物组与健康
Nature|DNA病毒组随人类基因和环境而变化
NC|全球土壤微生物氮、磷利用效率的格局与驱动因素
Nature综述｜细菌基因组进化中的上位性与共适应
Nature综述|微生物驱动的地球磷循环
Nature Microbiology|质粒驱动的抗菌素耐药性进化：插入序列介导的基因失活新机制
Nature Microbiology|经验性阿奇霉素治疗改变上呼吸道微生物组与抗性基因谱，但对COVID-19无抗炎益处
高分辨率空间转录组学解析宿主-肠道微生物组的生物地理分布｜Nature Microbiology
阿斯加德古菌的多样性、生态、细胞生物学与演化|Nat Rev Microbiol
Evo 2：跨越所有生命领域的基因组建模与设计基础模型|Nature
DECODE：适用于多组学数据的深度学习通用去卷积框架|Nature Methods
地下水中隐藏的病毒多样性及其生态作用|NC
全球活性污泥微生物组的宏基因组解析| Nature Water
使用gRodon和Phydon进行微生物基因组的最大生长速率预测
北极溪流沉积物微生物氮循环基因的空间与时间变异性
从高山冰川向下游扩散的Polaromonas进化辐射
GSVA: 基因集变异分析
全球公共交通系统气溶胶微生物群落的时空格局
moiraine：面向可重复性及多方法比较的多组学集成分析R包
BAQLaVa：高分辨率病毒群落分析的新框架，基于宏基因组与宏转录组数据
气候变化与抗菌药物耐药性：关联机制与应对策略
地球CNPS元素循环功能基因数据库
细菌残体循环通过资源分配促进细菌群落多样性维持｜NEE
基因组污染可能高估水平基因转移（HGT）推断｜NC
SPIRE与gcMeta：两大全球微生物组资源数据库
多组学揭示融雪期土壤微生物爆发相关的氮动态|NM
BiG-SCAPE 2.0与BiG-SLiCE 2.0：代谢基因簇聚类分析工具的重大升级
metaTraits：微生物表型性状信息的大规模整合平台
真核生物起源中阿斯加德古菌的主导贡献|Nature
多年冻土融化梯度下DNA病毒种群生态学及生物地球化学意义｜NC
使用最新的vConTACT3进行病毒分类注释|Nat Biotechnol
代谢灵活性微生物快速建立冰川前缘生态系统｜NC
大规模细菌基因组分析揭示数千种裂解噬菌体的存在
Keystone概念再审视：微生物群落动态与调控的新见解
2025
Panaroo：微生物泛基因组分析工具
全球深海冷泉病毒图谱揭示病毒暗物质及生物技术潜力
生态系统健康塑造泥炭地土壤中的病毒生态|Nature Microbiology
ResMicroDb：人类呼吸道微生物组综合数据库与分析平台
HRGM2：涵盖 41 个国家的的人类肠道MAGs目录，支持基因组规模代谢模型
R语言实现倾向性评分匹配(PSM)
冰川微生物基因组与基因数据库：三极地区的综合资源
VIRE：具有环境背景的全球尺度病毒组资源
寒冷适应和HGT塑造南极海绵微生物组
使用Pixi进行包管理（入门）
宏基因组分箱（binning）｜5. Bin Chicken靶向共组装
Snakemake入门和搭配Slurm使用
microbetag通过注释、富集和代谢互补分析帮助微生物网络解读
肠道微生物组塑造跨动物物种的社会行为
冰冻圈微生物生态系统中气候变化的当前与预期效应
NCBI不维护？试试上传数据至ENA
细菌细胞膜靶向抗生素：对抗多重耐药菌的新策略
呼吸道病毒组：揭示病毒暗物质在呼吸健康与疾病中的作用
病毒出现与全球大流行预防：同一健康框架下的视角
使用GenomeSPOT从氨基酸组成预测微生物生长条件
使用CRISPRCasTyper注释和分类CRISPR-Cas基因
从基因组视角解析真菌的多样性与进化
细菌移动遗传元件间的互作与进化关系
呼吸道病毒共感染：相互作用、机制及临床意义
微生物次生代谢产物：加速从发现到应用的研究进展
全球公共交通系统空气病毒特征（宏基因组病毒分析参考）
宏转录组学揭示人体皮肤微生物活性图景（宏转录组分析参考）
基因组视角下的地球生物群落：微生物研究综述
抗菌肽（AMP）的结构，功能和应用；相关数据库及预测方法
用 MDSINE2 解析微生物组生态系统尺度动态变化｜Nature Microbiology
使用 LexicMap 实现百万级原核生物基因组高效序列比对 | NBT
使用MLP根据相对丰度预测粪便微生物组负荷｜Cell
25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（4）
25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（3）
25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（2）
25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（1）
有关Rarefaction的探讨，一篇10年前的文章
室内微生物组相关研究
MaAsLin 3：微生物组多变量关联分析
预印本｜MetaNet: a scalable and integrated tool for reproducible omics network analysis
在低生物量微生物组研究中预防和报告污染｜Nature Microbiology指南
中介分析与结构方程模型（SEM）学习
使用MetaNet绘制KEGG通路网络图
批量下载NCBI genome相关数据
快速绘制采样地图
使用MetaNet进行网络比较
使用MetaNet添加更多节点形状
论文作者和单位太多？如何快速整理和修改
Critical Care: ICU医护人员肠道抗生素耐药基因显著增加
BGCkit：组学数据BGC分析流程
基因组同线性（synteny）分析和可视化
宏基因组分箱（binning）｜4. DAS Tool优化binning结果
MetaNet：多组学网络分析工具｜8.网络稳定性分析
MetaNet：多组学网络分析工具｜7.网络模块分析
MetaNet：多组学网络分析工具｜6.网络拓扑指标分析
MetaNet：多组学网络分析工具｜5.扩展绘图与兼容工具
MetaNet：多组学网络分析工具｜4.布局和可视化
MetaNet：多组学网络分析工具｜3.网络注释与操作
MetaNet：多组学网络分析工具｜2.网络计算和构建
MetaNet：多组学网络分析工具｜1.基础介绍
SQLite使用基础以及在R中操作数据库
功能基因探索：木质纤维素（lignocellulose）降解
微生物的耐酸机制研究
容器（Docker & Singularity）使用入门
宏基因组中病毒序列的宿主预测
全球尺度的抗生素耐药基因（ARG）研究
使用BiG-SLiCE高效聚类大规模BGCs
BGC Atlas助力宏基因组中生物合成基因簇的发现与分析
宏基因组分箱（binning）｜3. BASALT优化binning流程
使用Kraken进行16S/ITS物种注释（超快）
生物合成基因簇家族（GCF）数据库 BiG-FAM
iPhylo 生成并绘制优美的分类树（物种+化学）
2024
扩增子(Amplicon)数据分析流程|Qiime2
KEGG更新（2024.12）|作为现实世界模型的生物系统数据库
巨型病毒(Giant virus)生物学和多样性研究
一些基于宏基因组的巨型病毒研究
微生物学名-中文名称转换（可批量）
近期的一些环境病毒组研究（2024.10）
微生物的低温适应/抗寒机制研究
R整理和分析文献信息
一些有趣的绘图R包
ggh4x包拓展ggplot2绘图
使用InStrain进行宏基因组群体分析
群体遗传学基础学习
尝试开发一个自己的Python库
浙江大学蒋超实验室在JHM发文揭示日常使用量的一次性纸杯释放的微塑料或可能影响孕期健康
Zotero 7.0正式版，大更新！
使用PhaGCN2/vConTACT2进行病毒分类注释
病毒相关内容学习
功能基因预测/注释通用工具
使用Orthofinder进行系统发育直系同源推断
Anti-CRISPR 相关内容学习
更新一下你的Conda吧
从宏基因组构建基因组规模代谢模型（GEM）
METABOLIC：微生物基因组群落规模功能网络分析
从宏基因组量化细菌生长动态
一些实用的shell脚本
R绘制Venn图及其变换
公众号长期数据统计（笨方法）
VirRep: 人类肠道微生物组识别病毒新方法
R展示层级数据（桑基/旭日/珠包/Treemap图等）
R绘制箱形图及其变换
Positron初尝试，新一代数据科学IDE（R+Python+...）
从宏基因组中鉴定病毒序列
R进阶使用技巧
宏基因组分箱（binning）｜2. MetaWRAP实战深入binning
宏基因组分箱（binning）｜1.Metabat实战了解binning
宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202408｜持续更新
Slurm集群使用基础
微生物群落构建（community assembly）
GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)
上传测序数据至ENA数据库
R调用Taxonkit展示系统发育信息
使用uTools提高办公效率
使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs
微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
浙江大学蒋超课题组合作ES&T：开发使用可穿戴被动采样器对个体生物和化学暴露组与转录组进行纵向测绘
ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics
Mermaid 入门
CSL格式原理和应用
R快速翻译和绘图中文支持
2023
龙年启科研新篇
CRISPR 相关内容学习
常用扩增子数据库
地球微生物组计划介绍（EMP）
降维/排序分析（ordination analysis）
土壤微生物组综述（soil microbiome）
Attack on Titan
基因集富集分析(GSEA)简介
KEGG 数据库及API (2)
KEGG 数据库及API (1)
使用ReporterScore包进行富集分析
R微生物组分析流程（pctax包）
R绘制柱形图及其变换
gut 2023 肠道大会个人总结
抗生素抗性基因（ARG）基础学习
Reporter Score 微生物功能富集分析
R绘制优美的进化树（进阶）
R绘制优美的进化树（基础）
蒋超实验室项目技术员招聘
R绘制优美的地图
物种多样性研究的理论和方法
R-shiny应用开发（基础）
紫金春日
R-统计分析
ChatGPT帮我调整stack主题
R语言学习
春之伊始
Markdown Syntax Guide
