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微生物群落构建（community assembly）

了解控制群落多样性、功能、演替和生物地理学的机制是生态学，尤其是微生物生态学中的一个核心，这里介绍了几种群落构建分析方法。

Featured image of post GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
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GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具

GTDB（Genome Taxonomy Database）是一个基因组分类学数据库，旨在提供高质量的细菌和古细菌等分类信息。GTDB-Tk 是一个软件工具包，用于根据GTDB对细菌和古细菌基因组进行客观分类。

Featured image of post 使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)
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使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)

ANI 是指平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity），是一种用来比较基因组的指标。FastANI和Skani是常用于计算ANI的快速准确的软件，在此介绍一下这两个工具。

Featured image of post 上传测序数据至ENA数据库
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上传测序数据至ENA数据库

把测序原始数据上传至ENA数据库是常见的项目需要。在此以双端fastq测序文件的提交流程为例，讲解具体步骤。

Featured image of post R调用Taxonkit展示系统发育信息
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R调用Taxonkit展示系统发育信息

TaxonKit是一个用于处理生物分类学数据的命令行工具，我把Taxonkit工具整合进了R包pctax，也开发了一些配套的系统发育分析和可视化方法。