生信学习
编程基础
R语言精进
- R-统计分析
- R绘制优美的地图
- R绘制优美的进化树（基础）
- R绘制优美的进化树（进阶）
- R绘制柱形图及其变换（bar chart）
- R进阶使用小技巧
- R快速翻译和绘图中文支持
- R调用Taxonkit展示系统发育信息
- R语言爬虫（rvest包）
- R语言机器学习（基础）
- R包开发（基础）
- R-shiny应用开发（基础）
统计学
- R-统计分析
- 差异丰度分析（differential abundance analysis）
- 降维/排序分析（ordination analysis）
- 结构方程模型（SEM）学习
- 组学数据去除批次效应（batch effect）
宏基因组分析
- 宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新
- R微生物组分析流程（pctax包）
- 宏基因组分箱（binning）｜1.Metabat实战了解binning
- 宏基因组分箱（binning）｜2. MetaWRAP实战深入binning
- GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
- 使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)
- 使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
- 使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs
- Mmseqs2的基础使用
- Antibiotics resistance gene 抗生素抗性基因（ARG）
- CRISPR 相关学习
- CRISPR analysis
数据库
- 上传测序数据至ENA数据库
- Antibiotics resistance gene 抗生素抗性基因（ARG）
- KEGG 数据库及API (1)
- KEGG 数据库及API (2)
- 地球微生物组计划介绍（EMP）
- 常用扩增子数据库
- 使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
- 使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs
- GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
微生物生态学
- 物种多样性研究的理论和方法
- 微生物群落构建（community assembly）
- 微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
- 生物营养策略（Trophic strategy）
- 功能基因-碳元素循环（C-cycling）
- 功能基因-氮元素循环（N-cycling）
- Antibiotics resistance gene 抗生素抗性基因（ARG）
富集分析
- 基因集富集分析(GSEA)简介
- Reporter Score 微生物功能富集分析
- 使用ReporterScore包进行富集分析
- ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics
其他工具
学术成果
- ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics
- 浙江大学蒋超课题组合作ES&T：开发使用可穿戴被动采样器对个体生物和化学暴露组与转录组进行纵向测绘