生信学习
编程基础
R语言精进
- R-统计分析
- R绘制优美的地图
- 快速绘制采样地图
- R绘制优美的进化树（基础）
- R绘制优美的进化树（进阶）
- R绘制柱形图及其变换
- R绘制箱形图及其变换
- R绘制Venn图及其变换
- R展示层级数据（桑基/旭日/珠包/Treemap图等）
- R进阶使用小技巧
- R快速翻译和绘图中文支持
- R调用Taxonkit展示系统发育信息
- R语言爬虫（rvest包）
- R语言机器学习（基础）
- R包开发（基础）
- R-shiny应用开发（基础）
- R医学数据分析
- R整理和分析文献信息
- 一些有趣的绘图R包
- ggh4x包拓展ggplot2绘图
统计学
- R-统计分析
- 差异丰度分析（differential abundance analysis）
- 降维/排序分析（ordination analysis）
- 结构方程模型（SEM）学习
- 组学数据去除批次效应（batch effect）
- 中介分析与结构方程模型（SEM）学习
- MaAsLin 3：微生物组多变量关联分析
- R语言实现倾向性评分匹配(PSM)
宏基因组分析
- 宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新
- 功能基因预测/注释通用工具
- R微生物组分析流程（pctax包）
- Mmseqs2的基础使用
- 使用InStrain进行宏基因组群体分析
- 使用Orthofinder进行系统发育直系同源推断
- 扩增子(Amplicon)数据分析流程|Qiime2
- 使用Kraken进行16S/ITS物种注释（超快）
- 基因组同线性（synteny）分析和可视化
- 在低生物量微生物组研究中预防和报告污染｜Nature Microbiology指南
- 有关Rarefaction的探讨，一篇10年前的文章
- 使用MLP根据相对丰度预测粪便微生物组负荷｜Cell
- 使用 LexicMap 实现百万级原核生物基因组高效序列比对 | NBT
- 用 MDSINE2 解析微生物组生态系统尺度动态变化｜Nature Microbiology
- 宏转录组学揭示人体皮肤微生物活性图景（宏转录组分析参考）
- 全球公共交通系统空气病毒特征（宏基因组病毒分析参考）
- 使用GenomeSPOT从氨基酸组成预测微生物生长条件
- Panaroo：微生物泛基因组分析工具
MAGs
- 宏基因组分箱（binning）｜1.Metabat实战了解binning
- 宏基因组分箱（binning）｜2. MetaWRAP实战深入binning
- 宏基因组分箱（binning）｜3. BASALT优化binning流程
- 宏基因组分箱（binning）｜4. DAS Tool优化binning结果
- 宏基因组分箱（binning）｜5. Bin Chicken靶向共组装
- GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
- 使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)
- METABOLIC：微生物基因组群落规模功能网络分析
- 从宏基因组构建基因组规模代谢模型（GEM）
- 从基因组视角解析真菌的多样性与进化
- HRGM2：涵盖 41 个国家的的人类肠道MAGs目录，支持基因组规模代谢模型
BGCs
- BGCkit：组学数据BGC分析流程
- 微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
- 使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
- 使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs
- 使用BiG-SLiCE高效聚类大规模BGCs
- BGC Atlas助力宏基因组中生物合成基因簇的发现与分析
- 生物合成基因簇家族（GCF）数据库 BiG-FAM
- 微生物次生代谢产物：加速从发现到应用的研究进展
Virus
- 病毒相关内容学习
- 从宏基因组中鉴定病毒序列
- VirRep: 人类肠道微生物组识别病毒新方法
- VirSorter2+ DRAM鉴定病毒和辅助代谢基因
- 使用PhaGCN2/vConTACT2进行病毒分类注释
- 宏基因组中病毒序列的宿主预测
- CRISPR 相关学习
- CRISPR analysis
- Anti-CRISPR 相关内容学习
- 巨型病毒(Giant virus)生物学和多样性研究
- 一些基于宏基因组的巨型病毒研究
- 近期的一些环境病毒组研究（2024.10）
- 细菌移动遗传元件间的互作与进化关系
- 呼吸道病毒共感染：相互作用、机制及临床意义
- 使用CRISPRCasTyper注释和分类CRISPR-Cas基因
- 病毒出现与全球大流行预防：同一健康框架下的视角
- 呼吸道病毒组：揭示病毒暗物质在呼吸健康与疾病中的作用
- 全球公共交通系统空气病毒特征（宏基因组病毒分析参考）
- VIRE：具有环境背景的全球尺度病毒组资源
- 大规模细菌基因组分析揭示数千种裂解噬菌体的存在
- 使用最新的vConTACT3进行病毒分类注释|Nat Biotechnol
数据库
- 上传测序数据至ENA数据库
- NCBI不维护？试试上传数据至ENA
- Antibiotics resistance gene 抗生素抗性基因（ARG）
- KEGG 数据库及API (1)
- KEGG 数据库及API (2)
- KEGG更新（2024.12）|作为现实世界模型的生物系统数据库
- 地球微生物组计划介绍（EMP）
- 常用扩增子数据库
- 使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
- 使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs
- BGC Atlas助力宏基因组中生物合成基因簇的发现与分析
- 生物合成基因簇家族（GCF）数据库 BiG-FAM
- GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
- VIRE：具有环境背景的全球尺度病毒组资源
- ResMicroDb：人类呼吸道微生物组综合数据库与分析平台
微生物生态学
- 群体遗传学基础学习
- 物种多样性研究的理论和方法
- 微生物群落构建（community assembly）
- 微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
- 生物营养策略（Trophic strategy）
- 功能基因-碳元素循环（C-cycling）
- 功能基因-氮元素循环（N-cycling）
- 全球尺度的抗生素耐药基因（ARG）研究
- Antibiotics resistance gene 抗生素抗性基因（ARG）
- 抗菌肽（AMP）的结构，功能和应用；相关数据库及预测方法
- 细菌细胞膜靶向抗生素：对抗多重耐药菌的新策略
- 功能基因探索：木质纤维素（lignocellulose）降解
- 微生物的耐酸机制研究
- 肠道微生物组塑造跨动物物种的社会行为
- 室内微生物组相关研究
- 25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（1）
- 25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（2）
- 25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（3）
- 25年最新的一些Nature环境微生物研究文章（4）
- 基因组视角下的地球生物群落：微生物研究综述
- Keystone概念再审视：微生物群落动态与调控的新见解
- 真核生物起源中阿斯加德古菌的主导贡献|Nature
冻土相关专题
- 微生物的低温适应/抗寒机制研究
- 冰冻圈微生物生态系统中气候变化的当前与预期效应
- 寒冷适应和HGT塑造南极海绵微生物组
- 冰川微生物基因组与基因数据库：三极地区的综合资源
- 生态系统健康塑造泥炭地土壤中的病毒生态|Nature Microbiology
- 全球深海冷泉病毒图谱揭示病毒暗物质及生物技术潜力
- 代谢灵活性微生物快速建立冰川前缘生态系统｜NC
- 多年冻土融化梯度下DNA病毒种群生态学及生物地球化学意义｜NC
网络分析
- MetaNet：多组学网络分析工具｜1.基础介绍
- MetaNet：多组学网络分析工具｜2.网络计算和构建
- MetaNet：多组学网络分析工具｜3.网络注释与操作
- MetaNet：多组学网络分析工具｜4.布局和可视化
- MetaNet：多组学网络分析工具｜5.扩展绘图与兼容工具
- MetaNet：多组学网络分析工具｜6.网络拓扑指标分析
- MetaNet：多组学网络分析工具｜7.网络模块分析
- MetaNet：多组学网络分析工具｜8.网络稳定性分析
- 使用MetaNet进行网络比较
- 使用MetaNet添加更多节点形状
- 使用MetaNet绘制KEGG通路网络图
- microbetag通过注释、富集和代谢互补分析帮助微生物网络解读
富集分析
- 基因集富集分析(GSEA)简介
- Reporter Score 微生物功能富集分析
- 使用ReporterScore包进行富集分析
- ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics
其他工具
- 论文作者和单位太多？如何快速整理和修改
- 批量下载NCBI genome相关数据
- 一些实用的shell脚本
- Positron初尝试，新一代数据科学IDE（R+Python+…）
- 使用uTools提高办公效率
- Slurm集群使用基础
- 容器（Docker & Singularity）使用入门
- SQLite使用基础以及在R中操作数据库
- Mermaid 入门
- CSL格式原理和应用
- iPhylo 生成并绘制优美的分类树
- 更新一下你的Conda吧
- Zotero 7.0正式版，大更新！
- 微生物学名-中文名称转换（可批量）
- Snakemake入门和搭配Slurm使用
- 使用Pixi进行包管理（入门）
学术成果
- ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics
- ES&T：开发使用可穿戴被动采样器对个体生物和化学暴露组与转录组进行纵向测绘
- BiB: iPhylo 生成并绘制优美的分类树（物种+化学）
- Critical Care: ICU医护人员肠道抗生素耐药基因显著增加
- JHM: 示日常使用量的一次性纸杯释放的微塑料或可能影响孕期健康